زمینه و هدف: واکنش زنجیره پلیمراز(PCR) رایج ترین تکنیک در عرصه زیست شناسی مولکولی است که برای تکثیر یک توالی اختصاصی اسید نوکلئیک به کار می‌رود. پرایمرهای دژنره دارای توانایی تکثیر توالی‌های وابسته اما متفاوت هستند. هدف مطالعه حاضر استفاده از دو جفت پرایمر دژنره در ترکیب با Hemi Nested PCR برای تشخیص ناحیه V3-Loop ژن پوشش طیف وسیعی از ساب تایپ‌های ویروس HIV-1 است. مواد و روش ها: در مطالعه تجربی حاضر یک جفت پرایمر دژنره طراحی و بهینه سازی گردید و در ترکیب با Hemi Nested PCR برای تشخیص ناحیه V3-Loop ژن env طیف وسیعی از ژنوتیپ‌های ویروس HIV-1 که دارای تغییرات نوکلئوتیدی بسیار شدید است استفاده گردید. روش طراحی شده، برروی 40 نمونه سرم مثبت HIV، 10 کنترل منفی و ژنوم انسانی و 5 نمونه از هر کدام از ویروس‌های HBV,HCV,HGV,TTV انجام شد. یافته‌ها: پس از بهینه سازی، در 35 مورد از 40 نمونه مثبت باند مورد نظر مشاهده شد. در هیچ یک از نمونه‌های کنترل منفی انسانی و ویروسی هیچ باندی مشاهده نشد. علاوه بر آن در نمونه‌های مثبت باند غیر اختصاصی تشکیل نشده بود. نتیجه گیری: در این مطالعه علاوه بر PCR متداول، از دو پرایمر دژنره با قابلیت اتصال به نواحی اختصاصی از ژنوم استفاده گردید. در حقیقت محصولات PCR واکنش اول به عنوان DNA الگو برای یک جفت پرایمر داخلی مورد هدف قرار می‌گیرد و منجر به تولید محصولاتی با اندازه‌های کوچک‌تر و با حساسیت بالاتر به دلیل دژنره بودن، خواهد بود. بر اساس یافته‌های مطالعه، روش طراحی شده دارای مزیت‌هایی شامل تأیید محصولات اولیه و افزایش حساسیت روش تشخیص می‌باشد.

واژه‌های کلیدی: پرایمر دژنره برای PCR، ویروس نقص ایمنی انسان، V3-Loop، واکنش رونویسی معکوس

متن کامل [PDF 286 kb]   (3582 دریافت)