دوره 21، شماره 7 - ( دو ماهنامه بهمن و اسفند 1397 )
جلد 21 شماره 7 صفحات 79-68 |
برگشت به فهرست نسخه ها
1- گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی زاهدان، زاهدان، ایران.
2- گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران.
3- گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران. مرکز سلامت تغذیه، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران. ، mohammad.arabestani@gmail.com
2- گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران.
3- گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران. مرکز سلامت تغذیه، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران. ، mohammad.arabestani@gmail.com
چکیده: (2527 مشاهده)
زمینه و هدف: جهش ژنی در استافیلوکوک اورئوس از مهم‌ترین دلایل ایجاد سویه‌های مقاوم به آنتی‌بیوتیک است. روش آنالیز منحنی ذوب DNA با قدرت تفکیک بالا(HRM) می‌تواند این جهش‌ها را با کیفیت بسیار بالایی شناسایی کند. هدف از این مطالعه، ارزیابی نقش نوع نمونه بالینی در بروز جهش‌های نوکلئوتیدی در ژن mecA استافیلوکوک اورئوس به روش HRM بود.
مواد و روش‌ها: در این مطالعه تجربی، از 43 ایزوله بالینی استافیلوکوک اورئوس استفاده شد. جهت شناسایی جهش‌های احتمالی، ایزوله‌های دارای ژن mecA شناسایی و ژن مربوطه تعیین توالی شد. سپس، تجزیه و تحلیل داده‌ها با استفاده از نرم‌افزارهای StepOne v2.3 وHRM v3.0.1 انجام شد. نتایج تعیین توالی به عنوان استاندارد طلایی مورد استفاده قرار گرفت.
ملاحظات اخلاقی: این مطالعه با کد اخلاق IR.UMSHA.REC.1396.637 در کمیته اخلاق پژوهشی دانشگاه علوم پزشکی همدان به تصویب رسیده است.
یافته‌ها: از 43 ایزوله بالینی استافیلوکوک اورئوس، 11 ایزوله (58/25 درصد) دارای ژن mecA و 32 ایزوله (41/47 درصد) فاقد ژن mecA بودند. با توجه به نمونه‌های بالینی مختلف، 3 ایزوله (27/27 درصد) مقاوم به متی‌سیلین از نمونه خون، 2 ایزوله (18/18 درصد) از نمونه ادرار، 2 ایزوله (18/18 درصد) از نمونه زخم، 2 ایزوله (18/18 درصد) از نمونه کاتاتر، 1 ایزوله (09/9 درصد) از آبسه و 1 ایزوله (09/9 درصد) هم از سواپ بینی جدا شد. در این بین، ایزوله‌های گرفته شده از زخم و ادرار دارای بیشترین جهش در اسید‌آمینه آدنین به‌صورت A→T، A→G، A→C و A→X مشاهده شد. ایزوله‌های جدا شده از خون داری جهش در اسید آمینه گوانین به‌صورت G→A بودند.
نتیجه‌گیری: ارتباط معنی‌داری بین نوع جهش و نوع نمونه بالینی در ایزوله‌های استافیلوکوک اورئوس مقاوم به متی سیلین دیده شد.
مواد و روش‌ها: در این مطالعه تجربی، از 43 ایزوله بالینی استافیلوکوک اورئوس استفاده شد. جهت شناسایی جهش‌های احتمالی، ایزوله‌های دارای ژن mecA شناسایی و ژن مربوطه تعیین توالی شد. سپس، تجزیه و تحلیل داده‌ها با استفاده از نرم‌افزارهای StepOne v2.3 وHRM v3.0.1 انجام شد. نتایج تعیین توالی به عنوان استاندارد طلایی مورد استفاده قرار گرفت.
ملاحظات اخلاقی: این مطالعه با کد اخلاق IR.UMSHA.REC.1396.637 در کمیته اخلاق پژوهشی دانشگاه علوم پزشکی همدان به تصویب رسیده است.
یافته‌ها: از 43 ایزوله بالینی استافیلوکوک اورئوس، 11 ایزوله (58/25 درصد) دارای ژن mecA و 32 ایزوله (41/47 درصد) فاقد ژن mecA بودند. با توجه به نمونه‌های بالینی مختلف، 3 ایزوله (27/27 درصد) مقاوم به متی‌سیلین از نمونه خون، 2 ایزوله (18/18 درصد) از نمونه ادرار، 2 ایزوله (18/18 درصد) از نمونه زخم، 2 ایزوله (18/18 درصد) از نمونه کاتاتر، 1 ایزوله (09/9 درصد) از آبسه و 1 ایزوله (09/9 درصد) هم از سواپ بینی جدا شد. در این بین، ایزوله‌های گرفته شده از زخم و ادرار دارای بیشترین جهش در اسید‌آمینه آدنین به‌صورت A→T، A→G، A→C و A→X مشاهده شد. ایزوله‌های جدا شده از خون داری جهش در اسید آمینه گوانین به‌صورت G→A بودند.
نتیجه‌گیری: ارتباط معنی‌داری بین نوع جهش و نوع نمونه بالینی در ایزوله‌های استافیلوکوک اورئوس مقاوم به متی سیلین دیده شد.
فهرست منابع
1. Goudarzi M, Seyedjavadi SS, Nasiri MJ, Goudarzi H, Sajadi Nia R, Dabiri H. Molecular characteristics of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains isolated from patients with bacteremia based on MLST, SCCmec, spa, and agr locus types analysis. Microb Pathog. 2017; 104:328-35.
2. Warren DK, Prager M, Munigala S, Wallace MA, Kennedy CR, Bommarito KM, et al. Prevalence of qacA/B Genes and Mupirocin Resistance Among Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) Isolates in the Setting of Chlorhexidine Bathing Without Mupirocin. Infect Control Hosp Epidemiol. 2016; 37(5):590-7.
3. Tahmasebi H, Zeyni B, Dehbashi S, Motamedi H, Vafaeefar M, Keramat F, et al. The Study of blaZ and mecA Gene Expression in Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus Strains and the Relationship between the Gene Expression Patterns. J Isfahan Med Sch. 2017; 35(443): 1062-7.
4. Bleiziffer I, Eikmeier J, Pohlentz G, McAulay K, Xia G, Hussain M, et al. The Plasmin-Sensitive Protein Pls in Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) Is a Glycoprotein. PLoS pathogens. 2017; 13(1):e1006110.
5. Bokaeian M, Tahmasebi H, Shahraki Zahedani S. Comparison of Susceptibility Testing of E-test Strips with Cefoxitin and Oxacillin Disks in Identification of Methicillin-resistant Staphylococcus saprophyticus Strains. Qom Univ Med Sci J. 2017; 11(5):116-26.
6. Arabestani MR, Tahmasebi H, Zeyni B. Diagnostic Value of Melting Curve Analysis Based on Multiplex-Real Time PCR in Identification of Enterococci Species. Journal of Mazandaran University of Medical Sciences. 2017; 26(145):234-47.
7. Chernukha IM, Minaev MY, Kurbakov KA, Bataeva DS. Detection and Identification of S. Carnosus in Starter Cultures Using Real Time PCR and Subsequent HRM Analysis of Amplification Products. Procedia Food Science. 2015; 5:38-41.
8. Heydari N, Alikhani MY, Azizi Jalilian F, Tahmasebi H, Arabestani MR. Evaluation of real time PCR for detection of clinical isolates of Staphylococcus aureus and methicillin-resistance strains based on melting curve analysis method. Koomesh Journal 2017; 19(4):877-86.
9. Hosseini SJ, Nazemi A, Hashemi M, Miri Nargesi M, Sharifi SA. Application of high resolution melting technique for detection of germ line single nucleotide polymorphisms in STK11 gene among patients with various gastrointestinal cancers. Medical Sciences Journal. 2012; 21(4):233-7.
10. Noori-Daloii MR, Faraji K. High Resolution Melt Analysis (HRM) and its Strategic Applications Especially in Molecular Genetics. Quarterly of Horizon of Medical Sciences. 2016; 22(1):77-88.
11. Chen JH, Cheng VC, Chan JF, She KK, Yan MK, Yau MC, et al. The use of high-resolution melting analysis for rapid spa typing on methicillin-resistant Staphylococcus aureus clinical isolates. Journal of microbiological methods. 2013;92(2):99-102.
12. Tong SYC, Giffard PM. Microbiological Applications of High-Resolution Melting Analysis. Journal of Clinical Microbiology. 2012; 50(11):3418-21.
13. Hershberg R, Petrov DA. Evidence That Mutation Is Universally Biased towards AT in Bacteria. PLoS genetics. 2010;6(9):e1001115.
14. Munita JM, Arias CA. Mechanisms of Antibiotic Resistance. Microbiology spectrum. 2016; 4(2):10.1128.
15. Bratchikov M, Mauricas M. Development of a multiple-run high-resolution melting assay for Salmonella spp. genotyping: HRM application for Salmonella spp. subtyping. Diagnostic microbiology and infectious disease. 2011; 71(3):192-200.
16. Carbonell P, Turpin MC, Torres-Moreno D, Molina-Martinez I, Garcia-Solano J, Perez-Guillermo M, et al. Comparison of allelic discrimination by dHPLC, HRM, and TaqMan in the detection of BRAF mutation V600E. The Journal of molecular diagnostics : JMD. 2011; 13(5):467-73.
17. Zeinzinger J, Pietzka AT, Stöger A, Kornschober C, Kunert R, Allerberger F, et al. One-Step Triplex High-Resolution Melting Analysis for Rapid Identification and Simultaneous Subtyping of Frequently Isolated Salmonella Serovars. Applied and environmental microbiology. 2012; 78(9):3352-60.
18. Sheikh Ghomi S, Farnia P, Darbouy M. Detection of rpoB, inhA and katG Genes Mutations in Clinical Isolates of Mycobacterium tuberculosis by Real-Time PCR Based on Taqman and HRM Assays. Journal of Ardabil University of Medical Sciences. 2014; 14(2):147-57.
19. Xiao X-l, Zhang L, Wu H, Yu Y-g, Tang Y-q, Liu D-m, et al. Simultaneous Detection of Salmonella, Listeria monocytogenes, and Staphylococcus aureus by Multiplex Real-Time PCR Assays Using High-Resolution Melting. Food Analytical Methods. 2014; 7(10):1960-72.
20. Wang J, Ren X, Bai X, Zhang T, Wang Y, Li K, et al. Identification of gene mutation in patients with osteogenesis imperfect using high resolution melting analysis. Scientific reports. 2015; 5:13468.
21. Ngoi ST, Thong KL. High Resolution Melting Analysis for Rapid Mutation Screening in Gyrase and Topoisomerase IV Genes in Quinolone-Resistant Salmonella enterica. BioMed research international. 2014; 2014:8.
22. Carillo S, Henry L, Lippert E, Girodon F, Guiraud I, Richard C, et al. Nested High-Resolution Melting Curve Analysis: A Highly Sensitive, Reliable, and Simple Method for Detection of Jak2 Exon 12 Mutations—Clinical Relevance in the Monitoring of Polycythemia. The Journal of Molecular Diagnostics. 2011; 13(3):263-70.
23. Haryono SJ, Datasena IGB, Hariadi A, Mulyarahardj R. High Resolution Melting (HRM) Analysis for Genetic Changes in BRCA1/2 gene. Journal of the Medical Sciences (Berkala ilmu Kedokteran). 2017; 48:(4).
24. Pecavar V, Blaschitz M, Hufnagl P, Zeinzinger J, Fiedler A, Allerberger F, et al. High-resolution melting analysis of the single nucleotide polymorphism hot-spot region in the rpoB gene as an indicator of reduced susceptibility to rifaximin in Clostridium difficile. Journal of medical microbiology. 2012; 61(Pt 6):780-5.
25. Forghani F, Wei S, Oh D-H. A Rapid Multiplex Real-Time PCR High-Resolution Melt Curve Assay for the Simultaneous Detection of Bacillus cereus, Listeria monocytogenes, and Staphylococcus aureus in Food. Journal of food protection. 2016; 79(5):810-5.
26. Krawczyk B, Leibner J, Stojowska K, Bronk M, Samet A, Kur J. PCR melting profile method for genotyping analysis of vancomycin-resistant Enterococcus faecium isolates from Hematological Unit patients. Polish journal of microbiology / Polskie Towarzystwo Mikrobiologow = The Polish Society of Microbiologists. 2007; 56(2):65-70.
27. Long SW, Olsen RJ, Mehta SC, Palzkill T, Cernoch PL, Perez KK, et al. PBP2a Mutations Causing High-Level Ceftaroline Resistance in Clinical Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Isolates. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2014; 58(11):6668-74.
28. Fasihi Y, Fooladi S, Mohammadi MA, Emaneini M, Kalantar-Neyestanaki D. The spa typing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates by High Resolution Melting (HRM) analysis. Journal of medical microbiology. 2017; 66(9):1335-7.
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |