fa بررسی داکینگ مولکولی آنزیم پروتئاز ویروس HIV-1 با ترکیبات تری ترپنوئیدی با منشأ گیاهی و قارچی علوم پایه Basic Sciences پژوهشي اصیل Original Atricle <p style="text-align: justify"><strong>زمینه و هدف</strong>: به دلیل توان بالای عفونت&rlm;زایی و مقاومت&rlm;های دارویی گزارش شده در ویروس HIV-1 طی سال&rlm;های اخیر، پژوهش&rlm;های زیادی در خصوص کشف و معرفی داروهای ضد ویروس HIV-1 انجام شده است. نتایج بررسی&rlm;های متعدد نشان داده است که داروها و ترکیبات مهارکننده پروتئاز که سهم عمده&rlm;ای از آنها را مشتقات گیاهی به ویژه ترپنوئیدها تشکیل می&rlm;دهند، در کنترل عفونت ناشی از ویروس HIV-1 بسیار موثر می&rlm;باشند. هدف از این پژوهش بررسی بیوانفورماتیکی مهار آنزیم پروتئاز HIV-1 به وسیله&rlm;ی داروهای استاندارد و ترکیبات تری ترپنوئیدی با منشا گیاهی و قارچی می&rlm;باشد.</p> <p style="text-align: justify"><strong>مواد و روش&rlm;ها</strong>: این پژوهش به روش توصیفی &ndash;تحلیلی انجام گرفت. برای انجام این بررسی بیوانفورماتیکی، ساختار مربوط به داروها، ترکیبات تری ترپنی و آنزیم پروتئاز HIV-1 به ترتیب از پایگاه داده&rlm;های C&rlm;hem spider، Pubchem، HMDB و PDB دریافت شد. سپس داکینگ مولکولی به وسیله نرم افزار iGEMDOK2.1 انجام گرفت.</p> <p style="text-align: justify"><strong>یافته&rlm;ها</strong>: نتایج نشان داد که محل برهم&rlm;کنش ترکیبات تری ترپنی همانند داروهای استاندارد، سه ناحیه حفاظت شده و کاتالیتیکی دومین مرکزی، فلاپ و دومین انتهای کربوکسیل خصوصا اسید آمینه&rlm;های Asp25-Gly27-Ala28-ASP29-Asp30 واقع در جایگاه فعال پروتئاز HIV-1 می&rlm;باشد. هم&rlm;چنین بررسی برهم&rlm;کنش&rlm;های این نواحی نشان داد که استحکام میان&rlm;کنش&rlm;های ایجاد شده در این مناطق ارتباط مستقیمی با مقادیر IC50 این ترکیبات دارد.</p> <p style="text-align: justify"><strong>نتیجه&rlm;گیری</strong>: در پایان با توجه به اثر بخشی بالا و عمل اختصاصی تری ترپنوئیدها می&rlm;توان نتیجه گرفت که این ترکیبات می&rlm;توانند به عنوان داروهای موثرضد پروتئاز HIV-1 مطرح شوند.</p> <p dir="ltr" style="text-align: justify"><span style="font-size: 14px"><span style="font-family: times new roman"><em><strong>Background</strong></em>: Because of the reported high ability of virulence and medicinal resistance of HIV-1 virus during the last decades, many investigations have been performed concerning discovery and the introduction of anti-HIV-1 drugs. The results of numerous researches have shown that drugs and protease inhibitory compounds mainly containing plant derivatives specially terpenoids may control HIV-1 infection very effectively. The aim of this research is the bioinformatical study of HIV-1 protease inhibition by standard drugs and triterpenoides from plant and mushroom.</span></span></p> <p dir="ltr" style="text-align: justify"><span style="font-size: 14px"><span style="font-family: times new roman"><em><strong>Materials and Methods</strong></em>: This is a descriptive-analytic study. In the present study , the structure of drugs, triterpene comounds, and HIV-1 protease enzyme was received from the databases such as Chem Spider, PubChem, Human Metabolome Database (HMDB), and Protein Data Bank (PDB). After that, molecular docking was performed by iGRMDOCK 2.1 software</span></span></p> <p dir="ltr" style="text-align: justify"><span style="font-size: 14px"><span style="font-family: times new roman"><em><strong>Results</strong></em>: The results confirmed that the interactions of the triterpene compounds like the standard drugs were in three safeguarded and catalytic areas including central domain, flap and carboxylic terminal domain specially amino acids Asp25, Asp27, Ala28, Asp29 and Asp30 in active sites of HIV-1 protease. Also, The study of the interactions of these areas showed that there is a direct correlation between the strength of the interactions and IC50 values of these compounds.</span></span></p> <p dir="ltr" style="text-align: justify"><span style="font-size: 14px"><span style="font-family: times new roman"><em><strong>Conclusion</strong></em>: Finally, with due attention to the high effectiveness and the proprietary function of triterpenoids, we can conclude that these compounds may be considered as effectire HIV-1 antiprotease drugs.</span></span></p> ببیوانفورماتیک, ترپنوئید, داکینگ, ویروس HIV-1 Bioinformatic, Triterpenoid, Docking, HIV-1 virus 67 79 http://jams.arakmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-3278-4&slc_lang=fa&sid=1 Mokhtar Nosrati مختار نصرتی mokhtar.nosrati@ast.ui.ac.ir 4600319475328460068344 4600319475328460068344 No University of Isfahan, Isfahan, Iran دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران Mandana Behbahani ماندانا بهبهانی ma_behbahani@yahoo.com 4600319475328460068345 4600319475328460068345 Yes Department of Microbial Biotechnology, University of Isfahan, Isfahan, Iran گروه بیوتکنولوژی میکروبی، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران