Journal of Arak University of Medical Sciences
مجله دانشگاه علوم پزشكي اراك
J Arak Uni Med Sci
Medical Sciences
http://jams.arakmu.ac.ir
46
journal46
1735-5338
2008-644X
fa
jalali
1395
6
1
gregorian
2016
9
1
19
6
online
1
fulltext
fa
بررسی تنوع ژنتیکی نشانگر rs1542705 در ناحیه ژنی SMPD1 به عنوان یک نشانگر آگاهی دهنده جهت تشخیص مولکولی بیماری نیمن پیک در جمعیت اصفهان
Analysis of Genetic Variation of rs1542705 Marker in SMPD1 Gene Region as an Informative Marker for Molecular Diagnosis of Niemann-Pick Disease in Isfahan Population
علوم پایه
Basic Sciences
پژوهشي اصیل
Original Atricle
<p dir="RTL" style="margin-right: 28.9pt; text-align: justify;"><strong>زمینه و هدف:</strong> بیماری نیمن پیک <span dir="LTR">(NPD)</span>، به گروهی از بیماریهای ذخیره لیزوزومی اطلاق میشود که سبب متابولیسم غیرطبیعی لیپیدها میگردد. یکی از ژنهایی که در بروز این بیماری نقش دارد <em><span dir="LTR">SMPD1</span></em> است که تا کنون بیش از صد جهش بیماریزا در این ژن شناسایی شده است. به علت تنوع زیاد وقوع جهشها در این ژن و وقتگیر بودن و پرهزینه بودن بررسی مستقیم آنها، بررسی غیر مستقیم با آنالیز پیوستگی نشانگرهای چند شکلی به عنوان روشی جایگزین جهت تشخیص مولکولی جهشها پیشنهاد میشود. در مطالعهی حاضر فراوانی آللی نشانگر <span dir="LTR">rs1542705</span> در جمعیت ایران مورد بررسی قرار گرفت. هدف از تعیین فراوانی آللی این نشانگر، تعیین محتوای اطلاعاتی چند شکل <span dir="LTR">(PIC)</span> و امکان استفاده از آن در تشخیص غیرمستقیم بیماری نیمن پیک بود.</p>
<p dir="RTL" style="margin-right: 28.9pt; text-align: justify;"><strong>مواد و روشها:</strong> پس از انجام مطالعات بیوانفورماتیک بر روی ژن <em><span dir="LTR">SMPD1</span></em> ، نشانگر <span dir="LTR">rs1542705</span> جهت تعیین ژنوتیپ در جمعیت اصفهان انتخاب گردید. به منظور تعیین فراوانی آللی و ژنوتیپی این نشانگر، آزمایشات مولکولی با استفاده از تکنیک <span dir="LTR">ARMS PCR</span> بر روی 113 نمونه <span dir="LTR">DNA</span> فرد سالم غیر خویشاوند انجام گرفت. در نهایت اطلاعات مربوط به ژنوتیپ افراد وارد نرمافزارهای <span dir="LTR">Genepop</span> و <span dir="LTR">Powermarker</span> شد و تحلیلهای آماری لازم بر روی آنها انجام گرفت.</p>
<p dir="RTL" style="margin-right: 28.9pt; text-align: justify;"><strong>یافته</strong><strong>ها:</strong> تحلیلهای انجام گرفته نشان داد که جمعیت مورد مطالعه برای این نشانگر در تعادل هاردی- واینبرگ قرار دارد. فراوانی آللی نشانگر <span dir="LTR">rs1542705</span> برای آللهای <span dir="LTR">T</span> و <span dir="LTR">C</span> به ترتیب 24/71 و 76/28درصد و فراوانی هتروزیگوسیتی آن 36/43 درصد محاسبه گردید. همچنین مقدار محتوای اطلاعاتی چندشکلی <span dir="LTR">(PIC)</span> برابر با 325/0 به دست آمد.</p>
<p dir="RTL" style="margin-right: 28.9pt; text-align: justify;"><strong>نتیجه</strong><strong>گیری:</strong> نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که میتوان از نشانگر <span dir="LTR">rs1542705</span> به عنوان یک نشانگر آگاهی دهنده در تشخیص مولکولی بیماری نیمن پیک با استفاده از روش تحلیل پیوستگی در جمعیت مورد مطالعه استفاده نمود.</p>
<p style="text-align: justify;"><strong><em>Background:</em></strong> Niemann-Pick disease (NPD) refers to a group of lysosomal storage diseases that causes abnormal metabolism of lipids. One of the genes that play a role in the pathogenesis of this disease is SMPD1. To date, more than hundred disease- causing mutations have been identified in SMPD1 gene. Due to the large number of mutations in this gene, direct analysis of the mutations is costly and time-consuming. Therefore, indirect linkage analysis using polymorphic markers as an alternative method for molecular diagnosis of the mutations has been recommended. In the present study, allele frequency of rs1542705 genetic marker was analyzed in the Iranian population. The aim was to determine the polymorphic information content (PIC) and the possibility of its application in indirect diagnosing of NPD.</p>
<p style="text-align: justify;"><strong><em>Materials and Methods:</em></strong> After bioinformatics analysis of the <em>SMPD1</em> gene region, rs1542705 marker was selected for genotyping in Isfahan population. In order to calculate the allele and genotype frequency of the marker, molecular tests were done on 113 DNA samples of unrelated healthy individuals by using ARMS-PCR technique. Finally, the information related to the genotype of the individuals was statistically analyzed using Powermarker and Genepop software.</p>
<p style="text-align: justify;"><strong><em>Results:</em></strong> The analyses showed that the studied population was in accordance with Hardy-Weinberg equilibrium. Allele frequency of rs1542705 marker for T and C alleles was 71.24% and 28.76%, respectively, and the heterozygosity of the marker was 43.36%. Also, polymorphic information content (PIC) was 0.325.</p>
<p style="text-align: justify;"><strong><em>Conclusion:</em></strong> The results of this study showed that rs1542705 marker could be considered as an informative marker for molecular diagnosis of Niemann- Pick disease using linkage analysis in the studied population.</p>
چند شکلی تک نوکلئوتیدی, بیماری نیمن پیک, جمعیت ایرانی, SMPD1, ARMS PCR
Keywords: Single nucleotide polymorphism, Niemann- Pick disease, Iranian population, ARMS PCR, SMPD1
1
10
http://jams.arakmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-3479-1&slc_lang=fa&sid=1
Nasim
Ebrahimi
نسیم
ابراهیمی
4600319475328460063916
4600319475328460063916
No
Department of Biology, University of Isfahan, Isfahan, Iran.
گروه زیست شناسی، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران.
Sadegh
Vallian Borujeni
صادق
ولیان بروجنی
svallian@sei.ui.ad.ir
4600319475328460063917
4600319475328460063917
Yes
PhD in Midical Genetics, Department of Biology, University of Isfahan, Isfahan, Iran.
دکترای ژنتیک پزشکی، گروه زیست شناسی، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران.