fa پیش‌بینی بیوانفورماتیک و معرفی برخی از‌microRNAهای هدف گیرنده‌ی ژن‌های Sirt1 و Bcl2 در مدل بیماری پارکینسون علوم پایه Basic Sciences پژوهشي اصیل Original Atricle <div style="text-align: justify;"><strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">چکیده</span></span></strong><br> <strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">زمینه و هدف:</span></span></strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> استرس اکسیداتیو و اختلال کارکرد میتوکندری که منجر به مرگ آپوپتوزی در نورون‌ها می‌گردند، نقش مهمی در پاتوژنز پارکینسون ایفا می‌کنند. از طرفی، بر هم خوردن تنظیم ‌</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">microRNA</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌ها می‌تواند منجر به بروز بیماری مخرب اعصاب متعددی شود. </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">&nbsp;Sirt1</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">و </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Bcl2</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> به ‌عنوان دو ژن کلیدی، روندهای پاتوژن هم چون اختلال کارکرد میتوکندری، استرس اکسیداتیو و آپوپتوز را در بیماری‌های مخرب اعصاب تنظیم می‌کنند.</span></span><br> <span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">مواد و روش‌ها:</span></span> <span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">&nbsp;به ‌منظور بررسی نقش‌‌</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">microRNA </span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">ها در مدل بیماری</span></span> <span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">پارکینسون،</span></span> <span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">از دو پایگاه داده</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;"> miRWalk 2.0 </span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">&nbsp;و</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">TargetScan (v7) </span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌ به‌منظور پیش‌بینی برهم&shy;کنش‌های </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">microRNA</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">-هدف استفاده شد. </span></span><br> <strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">یافته‌ها:</span></span></strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> اثرات احتمالی </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">microRNA</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌های مختلف بر ژن‌های </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Bcl2</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> و</span></span> <span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Sirt1 </span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">در رت</span></span> <span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">آنالیز شد. نتایج حاصل از پایگاه‌های داده نشان داد که </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">microRNA</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">هایی چون&nbsp; </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-449a</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-182</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">،</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-211</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-34b</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-34c</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">،</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;"> rno-miR-448</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-466b</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> و </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-96</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> با احتمال بسیار قوی می‌توانند موجب مهار بیان ژن‌ </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Bcl2</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> ‌شوند. هم‌چنین</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">microRNA </span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">هایی چون </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-181 </span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">&nbsp;، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-211</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">،&nbsp; </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-27a</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-449a</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-34c</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-30</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">، </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-200a</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> و </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-448</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">&nbsp; ژن </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Sirt1</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> را قویاً مهار می‌کنند. </span></span><br> <strong><span dir="RTL"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">نتیجه‌گیری:</span></span></span></strong><span dir="RTL"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> بر اساس یافته‌ها می‌توان چنین پیش‌بینی نمود که با توجه به امتیاز بالای </span></span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">microRNA</span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌‌های </span></span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-211</span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">، </span></span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-34c</span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">، </span></span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-448</span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> و</span></span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">rno-miR-449a </span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">&nbsp;دربر همکنش با ژن‌های </span></span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Bcl2</span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> و</span></span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;"> Sirt1 </span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">در<br> &nbsp;پایگاه</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;"> داده&shy; های</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌ مزبور، این</span></span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">microRNA </span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">ها احتمالاً می‌توانند نقش مؤثری درروند بیماری ایفا نمایند. بنابراین این </span></span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">microRNA</span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">ها می‌توانند به ‌عنوان کاندیدهای مناسب جهت بررسی در مدل </span></span></span><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">in vitro</span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> بیماری پارکینسون معرفی شوند. </span></span></span></div> <div style="text-align: justify;"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family: times new roman;"><strong>Abstract</strong><br> <strong><em>Background:</em></strong> Oxidative Stress and mitochondrial dysfunction leading to apoptotic death of neurons play key role in the pathogenesis of the Parkinson&#39;s disease. On the other hand<span dir="RTL">،</span> misregulation of microRNAs can cause several neurodegenerative diseases. Sirt1 and Bcl2 as two key genes, regulate pathogenic processes in neurodegenerative diseases such as mitochondrial dyfunction, oxidative stress and apoptosis.<br> <strong><em>&nbsp;Materials and Methods:</em></strong> To investigate the role of microRNAs in model of Parkinson&#39;s disease, miRWalk 2.0 and TargetScan (v7) databases were served to predict microRNA-target interactions.<br> <strong><em>Results:</em></strong> Possible targeting effects of different microRNAs on Bcl2 and Sirt1 genes in Rat organism were analyzed. Merging data from databases has shown that rno-miR-449a, rno-miR-182, rno-miR-211, rno-miR-34b, rno-miR-34c, rno-miR-448, rno-miR-466b and rno-miR-96 with strong possibility can inhibit expression of Bcl2 gene. Also, rno-miR-181, rno-miR-211, rno-miR-27a, rno-miR-449a, rno-miR-34c, rno-miR-30, rno-miR-200a and rno-miR-448can inhibit Sirt1 gene with high possibility.<br> <strong><em>Conclusion:</em></strong> According to the findings, it can be predicted that regarding to high interaction scores of rno-miR-211, rno-miR-34c and rno-miR-448 and 449awith Bcl2 and Sirt1 genes in above-mentioned databases, these microRNAs probably can have critical role in disease process. Thus, these microRNAs can be introduced as appropriate candidates for investigations in in vitro model of Parkinson&#39;s disease.</span></span><br> &nbsp;</div> Bcl2 , بیوانفورماتیک, microRNA, بیماری پارکینسون, Sirt1 Bcl2, Bioinformatics, MicroRNA, Parkinson's disease, Sirt1 61 72 http://jams.arakmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-5065-1&slc_lang=fa&sid=1 Mahsa Rostamian Delavar مهسا رستمیان دلاور delavarmahsa@yahoo.com 4600319475328460057324 4600319475328460057324 No Department of Biology, Faculty of Sciences, University of Isfahan, Isfahan, Iran گروه زیست شناسی، دانشکده ی علوم پایه، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران Masoud Baghi مسعود باقی masoud.baghi@outlook.com 4600319475328460057325 4600319475328460057325 No Department of Biology, Faculty of Sciences, University of Isfahan, Isfahan, Iran گروه زیست شناسی، دانشکده ی علوم پایه، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران Elahe Yadegari الهه یادگاری elaheh.yadegari@gmail.com 4600319475328460057326 4600319475328460057326 No Department of Biology, Faculty of Sciences, University of Isfahan, Isfahan, Iran گروه زیست شناسی، دانشکده ی علوم پایه، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران Kamran Ghaedi کامران قائدی kamranghaedi@sci.ui.ac.ir 4600319475328460057327 4600319475328460057327 Yes Department of Cellular and Molecular Biology, Faculty of Sciences, University of Isfahan, Isfahan, Iran گروه زیست شناسی سلولی و مولکولی، دانشکده ی علوم پایه، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران