Journal of Arak University of Medical Sciences
مجله دانشگاه علوم پزشكي اراك
J Arak Uni Med Sci
Medical Sciences
http://jams.arakmu.ac.ir
46
journal46
1735-5338
2008-644X
fa
jalali
1397
7
1
gregorian
2018
10
1
21
5
online
1
fulltext
fa
غربالگری بیوانفورماتیکی مهارکنندههای دو پروتئین E1 و E2 ویروس پاپیلومای انسانی از دوگیاه دارویی Phyllanthus emblica و Ficus religiosa
Bioinformatic Screening of Human Papillomavirus (HPV) E1 and E2 Inhibitor(S) from Phyllanthus Emblica and Ficus Religiosa
عفونی
Infection
پژوهشي اصیل
Original Atricle
<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:14px;"><strong><span style="color:#12336E;"><span style="font-family:b nazanin;">زمینه و هدف</span></span></strong><span style="color:#12336E;"><span style="font-family:b nazanin;">:</span></span><span style="font-family:b nazanin;"> عفونت ناشی از ویروس پاپیلومای انسانی یکی از بیمارهای شایع، خطرناک و مرتبط با ایجاد سرطان در زنان است. بنابراین معرفی ترکیبات نوین دارویی علیه ویروس مذکور طی سال</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">های اخیر بسیار مورد توجه قرار گرفته است. هدف این پژوهش، غربالگری بیوانفورماتیکی مهارکننده</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">های بالقوه</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">ی پروتئین</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">های</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"> E1 </span></span><span style="font-family:b nazanin;">و</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"> E2 </span></span><span style="font-family:b nazanin;">سروتایپ</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">های 16، 18، 31، 33 و 45 ویروس مذکور از گیاهان دارویی بود.</span><br>
<strong><span style="color:#12336E;"><span style="font-family:b nazanin;">مواد و روش</span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:#12336E;"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span></span></strong><strong><span style="color:#12336E;"><span style="font-family:b nazanin;">ها:</span></span></strong><span style="font-family:b nazanin;"> این پژوهش به روش توصیفی-تحلیلی انجام شد. ابتدا ساختار سه بعدی ترکیبات گیاهی از پایگاه داده</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">های</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"> PubChem </span></span><span style="font-family:b nazanin;">دریافت شده و پتانسیل سمیت سلولی و جهش</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">زایی آن</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">ها تعیین شد. توالی آمینواسیدی پروتئین</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">های</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"> E1 </span></span><span style="font-family:b nazanin;">و</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"> E2 </span></span><span style="font-family:b nazanin;">از پایگاه داده</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">های پروتئین (</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">Uniprot</span></span><span style="font-family:b nazanin;">) دریافت گردیده و نواحی حفاظت شده و متغیر آن</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">ها با روش همردیفی چندگانه تعیین شد. ساختار سه بعدی پروتئین</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">های مذکور با روش مدل</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">سازی همسانی تعیین شده و قابلیت برهمکنش ترکیبات گیاهی با پروتئین</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">های مذکور با استفاده از روش داکینگ مولکولی توسط نرم</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">افزار</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">Autodock </span></span><span style="font-family:b nazanin;"> نسخه 6 .2 .4 بررسی شد</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">.</span></span><br>
<strong><span style="color:#12336E;"><span style="font-family:b nazanin;">یافته</span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:#12336E;"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span></span></strong><strong><span style="color:#12336E;"><span style="font-family:b nazanin;">ها:</span></span></strong><span style="font-family:b nazanin;"> نتایج نشان داد که اورسولیک اسید فاقد پتانسیل سمیت سلولی و جهش</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">زایی بوده و خصوصیات فیزیکوشیمیایی مطلوبی دارد. علاوه بر این، مشخص شد که ترکیب مذکور قابلیت برهمکنش با پروتئین</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">های</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"> E1 </span></span><span style="font-family:b nazanin;">و</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"> E2 </span></span><span style="font-family:b nazanin;">از تمامی سروتایپ</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">های مورد مطالعه را دارد. بررسی نواحی برهمکنش اورسولیک اسید با پروتئین</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">های مذکور نیز حاکی از درگیر شدن اسیدآمینه</span><span dir="LTR"><span style="font-family:cambria,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">های حفاظت شده در بین سروتایپ</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"></span></span><span style="font-family:b nazanin;">های مورد بررسی است</span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;">.</span></span><br>
<strong><span dir="RTL"><span style="color:#12336E;"><span style="font-family:b nazanin;">نتیجه</span></span></span><span style="color:#12336E;"><span style="font-family:times new roman,serif;"></span></span><span dir="RTL"><span style="color:#12336E;"><span style="font-family:b nazanin;">گیری:</span></span></span></strong><span dir="RTL"><span style="font-family:b nazanin;"> بر اساس نتایج حاصل از این پژوهش، اورسولیک اسید می</span></span><span style="font-family:cambria,serif;"></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b nazanin;">تواند به عنوان گزینه</span></span><span style="font-family:cambria,serif;"></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b nazanin;">ی مناسبی جهت بررسی</span></span><span style="font-family:cambria,serif;"></span><span dir="RTL"><span style="font-family:b nazanin;">های بیشتر برون و درون تنی خواص ضد ویروس پاپیلومای انسان تلقی شود.</span></span></span></div>
<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:times new roman;"><strong>Background and Aim</strong>: Human papillomavirus (HPV) infection is a prevalent, life-threatening disease and cause of cancer among women. Therefore, in recent years, developing novel anti-HPV agents is highly regarded. The study was planned to bioinformatic screening for E1 and E2 potential inhibitors of HPV serotypes including 16,18,31,33 and 45 types from medicinal plants.<br>
<strong>Materials and Methods:</strong> This is a descriptive-analytic study. In the first step, three-dimension structure of phytochemicals were retrieved from PubChem database and then the cell cytotoxicity and mutagenesis potential of them were evaluated. In the next step, the amino acid sequences of two key proteins of mentioned types of HPV including E1 and E2 were obtained from Uniprot database. Furthermore, the conserved and variable regions of the protein sequences were predicted using multiple sequence alignment method. Finally, the three-dimension structure of mentioned proteins was determined by homology modeling method and potential interactions of the phytochemicals with the proteins were investigated using molecular docking method through Autodock 4.2.6 software.<br>
<strong>Findings:</strong> The results demonstrated that ursolic acid has no cytotoxicity and mutagenesis potential with appropriate physicochemical properties. Results also showed that mentioned compound had strong interaction with both E1 and E2 of all studied serotypes. Furthermore, the evaluation of ursolic acid and E1 and E2 interactions showed that amino acid is involved in conserved regions of mentioned serotypes.<br>
<strong>Conclusion:</strong> Based on the obtained results of present study ursolic acid could be good candidate for more in vitro and in vivo studies of its anti HPV activity.</span></span></div>
اورسولیک اسید, غربالگری بیوانفورماتیکی, گیاهان دارویی, ویروس پاپیلومای انسانی
Bioinformatic screening, Human papillomavirus, Medicinal plant, Ursolic acid
7
20
http://jams.arakmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-5480-1&slc_lang=fa&sid=1
Komeil
Amini
کمیل
امینی
komail.amini@yahoo.com
4600319475328460064575
4600319475328460064575
No
Medical Biology Research Center, Kermanshah University of Medical Sciences, Kermanshah, Iran.
مرکز تحقیقات بیولوژی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه، کرمانشاه، ایران.
Kamran
Mansouri
کامران
منصوری
kmansouri@kums.ac.ir
4600319475328460064576
4600319475328460064576
Yes
Medical Biology Research Center, Kermanshah University of Medical Sciences, Kermanshah, Iran.
مرکز تحقیقات بیولوژی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه، کرمانشاه، ایران.