دوره 21، شماره 4 - ( دوماهنامه مرداد و شهریور 1397 )
جلد 21 شماره 4 صفحات 85-77 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Morad Abadi A R, Arjomandzadegan M, Emami N, Kahbazi M, Ahmadi A, Falahat S, et al . Comparison of Detection of Clinical Isolates of Mycobacterium Tuberculosis by Flash PCR and Conventional Culture Method. J Arak Uni Med Sci 2018; 21 (4) :77-85
URL: http://jams.arakmu.ac.ir/article-1-5600-fa.html
URL: http://jams.arakmu.ac.ir/article-1-5600-fa.html
مرادآبادی علیرضا، ارجمندزادگان محمد، امامی نوید، کهبازی منیژه، احمدی اعظم، فلاحت سعید، و همکاران.. مقایسه تشخیص سویه کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس با روش Flash PCR و روش مرسوم کشت. مجله دانشگاه علوم پزشكي اراك. 1397; 21 (4) :77-85
علیرضا مرادآبادی1 
، محمد ارجمندزادگان 2، نوید امامی3 ، منیژه کهبازی4 ، اعظم احمدی3 ، سعید فلاحت3 ، سید حسین حسینی3 ، مهدی کارگران3 ، پریسا خسروی3
، محمد ارجمندزادگان 2، نوید امامی3 ، منیژه کهبازی4 ، اعظم احمدی3 ، سعید فلاحت3 ، سید حسین حسینی3 ، مهدی کارگران3 ، پریسا خسروی3
1- گروه هماتولوژی، دانشگاه علوم پزشکی کرمان، کرمان، ایران.
2- گروه میکوبیولوژی و ایمونولوژی، دانشکده پزشکی، مرکز تحقیقات بیماری‌های عفونی (IDRC)، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران. ،arjomandzadegan@arakmu.ac.ir
3- مرکز تحقیقات بیماری‌های عفونی (IDRC)، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران.
4- گروه اطفال، دانشکده پزشکی، مرکز تحقیقات بیماری‌های عفونی (IDRC)، ،دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران.
2- گروه میکوبیولوژی و ایمونولوژی، دانشکده پزشکی، مرکز تحقیقات بیماری‌های عفونی (IDRC)، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران. ،
3- مرکز تحقیقات بیماری‌های عفونی (IDRC)، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران.
4- گروه اطفال، دانشکده پزشکی، مرکز تحقیقات بیماری‌های عفونی (IDRC)، ،دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران.
چکیده: (3156 مشاهده)
زمینه و هدف: رنگ‌آمیزیهای زیل نلسون، فلوئورسنت و نیز کشت، روشهای استاندارد تشخیص بیماری سل هستند. در این تحقیق، کارائی روش Flash PCR با روش مرسوم کشت مقایسه شد.
مواد و روش‌ها: تعداد 56 نمونه خلط از بیماران مشکوک به سل پس از ارزیابی با روش زیل نلسون و کشت در لوون اشتاین جانسن، به روش چلکس تحت استخراج DNA قرار گرفتند. جهت بررسی مولکولی از کیت مخصوص Flash PCR که محتوی پروب‌ها و پرایمرها برای تکثیر ژن IS6110 بود، استفاده شد. کنترل مثبت و کنترل منفی موجود در کیت به‌کار گرفته شد و دستگاه MTC410، جهت تکثیر و دستگاه FD-12 جهت بررسی نتایج مورد استفاده قرار گرفتند. علاوه بر این، نمونه‌ها با کمک ژل آگارز نیز الکتروفورز شدند.
یافته‌ها: از 56 نمونه خلط بیماران مشکوک به سل، تعداد 20 نمونه در ارزیابی میکروسکوپی و کشت، مثبت و 36 نمونه منفی بودند. هم‌چنین، بررسی مولکولی با استفاده از روش FLASH-PCR مشخص کرد که تمامی 20 نمونه مثبت، در این روش مولکولی نیز مثبت شدند. به‌علاوه، 3 نمونه خلط که با روش کشت و رنگ آمیزی منفی شده بودند در روش FLASH-PCR مثبت شدند. یکی از 3 بیمار مورد بحث با نظر پزشک تحت درمان حمله‌ای برای درمان سل با دریافت آنتی بیوتیکهای ایزونیازید، پیرازینامید و اتامبوتول قرار گرفت. تمامی نتایج با کمک الکتروفورز معمول نیز تایید گردیدند.
نتیجه‌گیری: مواردی که احتمالا به دلیل تعداد باکتری اندک در نمونه یا نقص در نمونه‌برداری، منفی می‌شوند، با روش FLASH-PCR امکان مثبت شدن آن‌ها وجود دارد. بنابراین، با توجه به هزینه اندک، برای استفاده روتین پیشنهاد می‌شود.
مواد و روش‌ها: تعداد 56 نمونه خلط از بیماران مشکوک به سل پس از ارزیابی با روش زیل نلسون و کشت در لوون اشتاین جانسن، به روش چلکس تحت استخراج DNA قرار گرفتند. جهت بررسی مولکولی از کیت مخصوص Flash PCR که محتوی پروب‌ها و پرایمرها برای تکثیر ژن IS6110 بود، استفاده شد. کنترل مثبت و کنترل منفی موجود در کیت به‌کار گرفته شد و دستگاه MTC410، جهت تکثیر و دستگاه FD-12 جهت بررسی نتایج مورد استفاده قرار گرفتند. علاوه بر این، نمونه‌ها با کمک ژل آگارز نیز الکتروفورز شدند.
یافته‌ها: از 56 نمونه خلط بیماران مشکوک به سل، تعداد 20 نمونه در ارزیابی میکروسکوپی و کشت، مثبت و 36 نمونه منفی بودند. هم‌چنین، بررسی مولکولی با استفاده از روش FLASH-PCR مشخص کرد که تمامی 20 نمونه مثبت، در این روش مولکولی نیز مثبت شدند. به‌علاوه، 3 نمونه خلط که با روش کشت و رنگ آمیزی منفی شده بودند در روش FLASH-PCR مثبت شدند. یکی از 3 بیمار مورد بحث با نظر پزشک تحت درمان حمله‌ای برای درمان سل با دریافت آنتی بیوتیکهای ایزونیازید، پیرازینامید و اتامبوتول قرار گرفت. تمامی نتایج با کمک الکتروفورز معمول نیز تایید گردیدند.
نتیجه‌گیری: مواردی که احتمالا به دلیل تعداد باکتری اندک در نمونه یا نقص در نمونه‌برداری، منفی می‌شوند، با روش FLASH-PCR امکان مثبت شدن آن‌ها وجود دارد. بنابراین، با توجه به هزینه اندک، برای استفاده روتین پیشنهاد می‌شود.
فهرست منابع
1. Bannalikar A.S., Rishendra V. Detection of Mycobacterium avium &Mycobacterium tuberculosis from human sputum cultures by PCR-RFLP analysis of hsp65 gene & pncA PCR. Indian journal of Medical Research. 2006; (123): 165-172.
2. Mohamed A.M., Abou El-Ella G.A., Nasr E.A. Phenotypic and Molecular typing of tuberculous and nontuberculous Mycobacterium species from slaughtered pigs in Egypt. Journal of Veterinary Diagnosis Investigation. 2009; (21): 48-52.
3. Aragon, Lina Marcela, et al. "Rapid detection of specific gene mutations associated with isoniazid or rifampicin resistance in Mycobacterium tuberculosis clinical isolates using non-fluorescent low-density DNA microarrays." Journal of Antimicrobial Chemotherapy 57.5. 2006; 825-831.
4. Watterson SA, Wilson SM, Yates MD, Drobniewski FA. Comparison of three molecular assays for rapid detection of rifampin resistance in Mycobacterium tuberculosis. J Clin Microbiol. 1998; 36: 1969-1973.
5. Musial CE, Tice LS, Stockman L, Roberts GD. Identification of mycobacteria from culture by using the Gen-Probe Rapid Diagnostic system for Mycobacterium avium complex and Mycobacterium tuberculosis complex. J Clin Microbiol. 1988; 26: 2120-2123.
6. Raviglione MC, O'Brien RJ. Tuberculosis. In: Kasper F, Hauser F, editors. Harrison’s principlesof internal medicine. New York: MacGraw-Hill. 2012; 1340-1385.
7. Maurya V, Vijayan VK, Shah A. Smoking and tuberculosis: an association overlooked. Int J Tuberc Lung Dis. 2002; 6: 942-51.
8. Sekiguchi J, Miyoshi-Akiyama T, Augustynowicz Kopeć E, Zwolska Z, Kirikae F, Toyota E. Detection of multidrug resistance in Mycobacterium tuberculosis. J Clin Microbiol. 2007; 45: 179-192.
9. Dalovisio JR, Montenegro-James S, Kemmerly SA, Genre CF, Chambers R, Greer D, et al. Comparison of the Amplified Mycobacterium tuberculosis (MTB) Direct Test, Amplicor MTB PCR, and IS6110-PCR for detection of MTB in respiratory Specimens. Clin Infect Dis. 1996; 23: 1099-106.
10. Mäkinen J, Marttila HJ, Marjamäki M, Viljanen MK, Soini H. Comparison of Two Commercially Available DNA Line Probe Assays for detection of multidrug-Resistant Mycobacterium tuberculosis. J Clin Microbiol. 2006; 44: 350-352.
11. Negi SS, Basir SF, Gupta S, Pasha ST, Khare S, Lal S. Comparative study of PCR, smear examination and culture for diagnosis of cutaneous tuberculosis. J Commun Dis. 2005; 37: 83-92.
12. Negi S, Gupta S, Khare S, Lal S. Comparison of various microbiological tests including polymerase chain reaction for the diagnosis of osteoarticular tuberculosis. Indian J Med Microbiol. 2005; 23: 245-248.
13. National Technical Committee on TB. TB Country Guide. 3rd ed. Tehran: Disease Management Center, Ministry ofHealth and Medical Education. 1381; 5.
14. Eshghinejad, FA, Farazi A, Eshrati B, Khalili H, Shojapour M, Ahmadi A and Arjomandzadegan M. Detection of Major Genetic Groups of Mycobacterium tuberculosis isolated from tuberculosis patients in Markazi province by polymorphism determination in kat G and gyr A genes. AMUJ. 2012; 26-34.
15. Ryazantsev D, Abramova S, Evstratova S, Gagkaeva T, Zavriev S. FLASH-PCR diagnostics of toxigenic fungi of the genus & lt; i & gt; Fusarium & lt;/i & gt. Bioorg Khim. 2008; 34: 716-24.
16. Abd-Elsalam K, Bahkali AH, Moslem M, De Wit PJGM Verreet J-A. Detection of Mycosphaerella graminicola in Wheat Leaves by a microsatellite dinucleotide specific-primer. Int J Mol Sci. 2011; 12: 682-93.
17. Abramova S, Ryazantsev D, Voinova T, Zavriev S. Diagnostics of phytopathogen fungi; Septoria tritici and Stagonospora nodorum by fluorescent amplification-based specific hybridization (FLASH) PCR. Bioorg Khim. 2008; 34: 97-102.
18. Ryazantsev D, Zavriev S. An efficient diagnostic method for the identification of potato viral pathogens. Molecular Biology. 2009; 43: 515-23.
19. Noordhoek GT, Kolk AH, Bjune G, Catty D, Dale JW, Fine PE, et al. Sensitivity and specificity of PCR for detection of Mycobacterium tuberculosis: a blind comparison study among seven laboratories. J Clin Microbiol. 1994; 32: 277-84.
20. Kamerbeek J, Schouls L, Kolk A, van Agterveld M, vanSoolingen D, Kuijper S, et al. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology. J Clin Microbiol. 1997; 35: 907-914
21. Hosseini MJ, Imani Fooladi AA. Miliary tuberculosis with empyema, a case report. Jundishapur J Microbiol. 2010; 3: 129-132.
22. Cave MD, Eisenach KD, Templeton G, Salfinger M, Mazurek G, Bates JH, et al. Stability of DNA fingerprint pattern produced with IS6110 in strains of Mycobacterium tuberculosis. J Clin Microbiol. 1994; 32: 262-266.
23. Ramaswamy S, Musser JM. Molecular genetic basis of antimicrobial agent resistance in Mycobacterium tuberculosis: 1998 update. Tuber Lung Dis. 1998; 79: 3-29.
24. Von Mutius E, Pearce N, Beasley R, Cheng S, von Ehrenstein O, Björkstén B, Weiland S. International patterns of tuberculosis and the prevalence of symptoms of asthma, rhinitis, and eczema. Thorax. 2000; 55: 449-453.
25. Consolo VF, Albani CM, Berón CM, Salerno GL, Cordo CA. A conventional PCR technique to detect Septoria tritici in wheat seeds. Australasian Plant Pathology. Australasian Plant Pathology. 2009; 38: 222-7.
26. Banavaliker JN, Bhalotra B, Sharma DC, Goel MKKhandekar PS, Bose M. Identification of Mycobacterium tuberculosis by polymerase chain reaction in clinical specimens. Indian journal of tuberculosis. 1998; 45: 15-18.
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
